一、清初的河道

清代运河河道，沿明之旧。康熙年间靳辅在《治河方略》卷四《漕运考》中详细叙述了清初运河的全线情况。运河各段皆有专名，如江南运河、里运河、会通河等。当时淤积最为严重的是清口至高邮运河段。清初运河河道可谓敝坏已极，虽有局部疏浚，却于大局无补。

二、康熙至咸丰年间的河道

康、雍、乾三朝是清代最鼎盛时期，均对大运河进行全面整治，运河河道大为改观，这主要表现在以下三个方面：

（一）开皂河、中河，促使黄运分离

（二）维修、改建淮扬运河

（三）黄淮运交汇处航道（清口）

三、咸丰至光绪年间的河道

咸丰三年，太平军占据南京、扬州，切断了大运河航运。咸丰五年，运河阻滞。黄河改道，结束了黄淮运在清口交汇的格局，泗沂中运之水南下直通里运河。光绪三 十二年，黄河在郑州决口，山东黄水断流，漕船不断南下，后来将临口积淤疏挑，空船始得由黄入运。清政府最后只得放弃修复运河计划，宣布各省漕粮全改折色， 并陆续裁撤河运、漕运管理机构。中国二千多年的大运河历史，由初创到鼎盛，由盛而衰，由衰而完全失修，终于全线断航。