为科学合理地保护、利用大运河，促进大运河遗产保护与大运河城市的和谐发展，推动大运河申报世界遗产工作，2008年3月24日，大运河保护与申遗工作会议决定，大运河联合申遗办公室作为大运河保护与申遗城市联盟（以下简称“城市联盟”）的办事机构，其工作职能如下：
    一、具体负责大运河保护与申遗日常组织协调、调研和联络工作，向城市联盟年会汇报工作。
    二、负责起草、修订大运河申遗工作方案和工作计划，经城市联盟认可，组织、协调各城市开展申遗各阶段工作。
    三、组织汇总大运河沿线各省（直辖市）相关保护规划，并形成大运河保护总体规划。
    四、组织编写、汇集大运河申遗文本，组织召开专家论证会议，征求各方面意见和建议，修改完善后报国家文物局审定。
    五、组织专家指导大运河沿线各项文化遗产保护和环境整治工作。
    六、对大运河保护和申遗工作中的相关问题进行研究，提出建议。对跨地域、跨行业等方面的难点问题，报请国家相关部门协调解决。
    七、负责收集、整理、汇总大运河的各类信息资料，建立大运河文化遗产记录档案。
    八、组织开展大运河文化遗产的研究工作，出版相关成果。
    九、组织开展大运河文化遗产宣传报道工作。
    十、负责建立和维护大运河申遗网站。 
    十一、受理承办城市联盟年会的申请，并提出承办城市的推荐意见。
    十二、组织、承办大运河保护与申遗相关工作会议。
    十三、组织大运河保护与申遗相关专业培训。
    十四、协同国家文物局负责联合国教科文组织申遗事务相关考察接待工作；
    十五、定期编发大运河保护与申遗工作简报。
    十六、承担大运河保护与申遗的其它工作。